（一）池塘处理
池塘注水前1周，用50～100倍EM菌液稀释液代替石灰、漂白粉等均匀喷洒，消毒和净化池塘。
（二）水质净化
在放养前3～10天，用EM菌液稀释液泼洒水面。视水质情况，开始15天1次，以后为1个月1次，水质较差的地方，适当缩短泼洒时间；比例可按总水量的万分之一、10万分之一或30万分之一投入EM菌液的用量。泼洒时应在晴天上午10时至下午4泼洒最为适宜,为了均匀泼洒，先将EM菌液稀释后使用。
（三）制作发酵料（制备发酵饲料的方法）
（四）鱼饲料的处理
由于鱼饲料为颗粒状，可用200倍的EM菌液稀释液喷洒饲料喷湿为度，马上投喂，以免散开。
（五）有机肥和粪便的处理
要投入水体的有机肥（青草液肥）和粪便应先用EM菌液处理，发酵后方可投入水面。
（六）鱼病防治
如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌液稀释液均匀泼洒水面，3～5小时可好转，鱼恢复正常。此后可隔1～2天再泼1～2次。个别的真菌性鱼病、细菌性肠炎、烂鳃病、打印病等可将病鱼捞出，用EM菌液10～50倍直接涂擦病灶，也可用EM菌液100～150倍稀释液浸泡病鱼（直到鱼出现轻微浮头止），几天后即可痊愈。

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