一、浸种、拌种、泡根
浸种：用10～50倍EM菌液稀释液浸种（稀释倍数和浸种时间视种皮厚薄作相应调整，种皮厚的稀释倍数低并浸种时间相应延长），可提高出发芽率及植株存活率；
拌种：用10～50倍EM菌液稀释液喷洒种子，边喷边翻动，待所有种子都润湿即可播种。
泡根：栽种前用10～50倍的EM菌液稀释液泡根，可起到保苗促长的作用。
二、苗床处理
播种前用200～500倍EM菌液稀释液喷施苗床，抑制苗床病原菌的生长，为种苗生长提供一个良好的微生态环境。
三、叶面喷施和淋根
EM菌液淋根喷施：针对不同植物的各生长阶段，均可用250～500倍EM菌液稀释进行叶面喷施和淋根，以增强叶面光合作用提高土壤肥力，促进作物生长及提高抗病抗逆能力，减少病虫害的发生等等作用。
四、发酵青草液肥
五、发酵粪水
（1）按1：200～500倍投入EM菌液和红糖（若按200倍，也就是200斤粪水投入1斤EM菌液和红糖），红糖先用温水溶化后倒入EM菌液混匀泼入粪池，然后用木棍或铁杆在粪水中搅拌均匀，盖上木板或薄膜5～7天后使用。用时须加水稀释。
（2）使用方法：兑水200～500倍稀释后，在果树、蔬菜上浇根，或在田（地）上改良土壤；还可埋入土壤，作发酵基肥使用。
六、自制生物防虫液
七、发酵堆肥
八、除草
用EM菌液（不用除草剂）的除草方法不仅简单方便效果好，保护土壤而且不用增加成本。依靠EM菌液中的乳酸菌群合成乳酸和生理活性物质，使杂草的种皮变软，容易吸收水份，从而受生理活性物质影响，打破休眠，提前发芽和新陈代谢。
方法
作物收获后，立即撒施EM菌液堆肥，每亩300～500公斤（这样，春耕前可不必再施肥），变春季施肥为秋季施肥，使杂草种子打破休眠常规，提前萌芽生长，因此在冬天就无法越冬而枯死。在春耕翻田旱地锄草时，每亩用1公斤EM菌液制成500倍稀释液喷洒1次。由于乳酸菌群的作用，在犁耕、锄草等过程中，破坏杂草草根、块茎、使杂草腐败、分解、枯死，经过反复轮作，第一个冬天可清除80%以上杂草，在两个冬天以后田里杂草可望全部清除。EM菌液还可使土壤肥力增强，肥土层增厚。
上述几种方法全方位综合使用效果最佳。
九、保鲜
1.鲜果采摘前3天，用100～250倍的EM菌液稀释液喷洒1次，把鲜果四周喷湿。采摘时要带果柄（把）不要乱丢乱摔，防止鲜果表皮破损。
2.如果采摘前没有喷洒EM菌液，可以在采摘后将表皮完整无损的鲜果，用100～250倍的EM菌液稀释液浸泡5分钟，晾干水份后再装筐堆放，用塑料薄膜四周覆盖。以后每隔1周检查1次，挑出个别烂果后，用250～500倍EM菌液稀释液喷洒1次，再装筐堆放，四周覆盖。
用EM菌液稀释液处理比传统方法可延长保鲜时间1～2倍以上。
附：枸杞保鲜的方法
先将300克食用碱精加溶于30斤水中后，搅拌均匀。
再在事先搅拌好的碱精水中30毫升左右的EM菌液。
将采摘下的鲜果倒入准备好的竹筛或竹筐里，用勾兑好的稀释液泼撒或直接放入盆中浸泡后捞出倒入果栈晾晒即可。
1公斤EM菌液可浸泡1万斤枸杞。
用此法晾晒枸杞不仅省工省时，还可以达到增色保鲜、驱虫、防虫、驱蝇，降解农药残留的理想效果。此法是生产绿色无公害枸杞晾晒最为理想的方法。

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